Kleinere Wasserkraftanlagen bedeuten einen weitgehenden Eingriff in das Ökosystem Fließgewässer, der weitreichende Folgen auf die Gewässerstruktur und die Lebensräume innerhalb des Ökosystems hat. Zu den vielfältigen negativen Auswirkungen gehören:
Ufergehölze puffern den Direkteintrag von Nähr- und Schadstoffen aus angrenzenden intensiv genutzten Flächen ab. Es muss verhindert werden, dass durch Drainagerohre Gülle, Dünger und Schädlingsbekämpfungsmittel direkt in das Gewässer gelangen. Schilfzonen an den Ufern binden Nährstoffe und Sedimentablagerungen.
Die Bäche sollen weitgehend von direkten Einleitungen aus Kläranlagen freigehalten werden, so können sich kleine Bachabschnitte wieder regenerieren. Um die Glonn nicht noch zusätzlich durch die Schmutzfracht der Seitenbäche zu belasten, wäre es nötig, sie auf Gewässergüte II (mäßig belastet) anzuheben. Hierfür könnten reinigende Elemente in den Bach eingebracht werden. Eine Möglichkeit wären Schilfzonen in aufgeweiteten Bachbereichen und lichtdurchflutete Flachwasserzonen, um Bakterien zu reduzieren.
Es wäre sinnvoll, hinter Kläranlagen Ausgleichsflächen für das Ökokonto zu erwerben und für sogenannte Schilfschleifen zu verwenden. Das sind den Kläranlagen nachgeschaltete Schilfzonen, durch die das Wasser durchgeleitet wird, bevor es in unsere Flüsse und Bäche fließt.