Die Glonn ist ein stark belasteter nährstoffreicher Fluss. Neben der Belastung durch die Abläufe von 31 kommunalen Kläranlagen, die direkt oder durch die seitlichen Nebenbäche eingeleitet werden, wird die Gewässergüte zusätzlich noch durch die Einleitung von häuslichem Abwasser, Mischwasserentlastungen und diffusen Einträgen speziell durch die Landwirtschaft beeinträchtigt.

Durch die zahlreichen naturfremden Einleitungen wird die Fähigkeit zur biologischen Selbstreinigung bei den meisten Bächen überbeansprucht.

Die Quellbäche der Glonn sind zum Teil noch sehr gering belastet. Ab dem ersten Kläranlagenablauf in Mittelstetten bis zur Einmündung in die Amper ist die Glonn kritisch belastet und gehört somit zur Gewässergüteklasse II - III.

Ziel wäre es, für das Wasser der Glonn Gewässergüte II zu erreichen, also mäßig belastet.