Ende der fünfziger Jahre wurden erste Stimmen über die Verschmutzung der Glonn laut. Man dachte über eine Gesundheitsgefährdung durch das Baden in der Glonn nach. Bis in die sechziger Jahre wurde die Glonn als Badegewässer genutzt. Da die Verschmutzung immer mehr zunahm, verzichteten dann allerdings die Badefreudigen auf ihr Vergnügen in den einzelnen Orten und wichen auf Freibäder, Weiher und Seen aus. Hinweisschilder wie Baden verboten oder Baden auf eigene Gefahr wurden zur Notwendigkeit, um die Bewohner vor dem mit Keimen belasteten Wasser zu warnen.
Erst mit der vermehrten Nutzung von sauberem Trinkwasser in den Haushalten für Bäder, Toiletten, Waschmaschinen usw. wurden die Abwässer zuerst direkt, in späteren Jahren nach der Reinigung in den Kläranlagen in die Gewässer eingeleitet. Bis in die 50er Jahre war der Wasserverbrauch so gering, dass das wenige Wasser meist auf den Grundstücken versickerte. Der Grund für die zunehmende Verschmutzung von sauberem Trinkwasser waren der kontinuierlich ansteigende Wasserbedarf und die steigende Zahl der Bevölkerung im Landkreis. Parallel dazu erhöhte sich der Anfall an Schmutzwasser und damit die Abwassereinleitungen. In dieser Zeit dachten Behörden und Gemeinden erstmals über den Bau von Kläranlagen nach. Mittlerweile sind fast alle Gemeinden, die Abwässer direkt oder über Nebenbäche in die Glonn leiten, mit einer Abwasserreinigung versorgt, die den Verhältnissen immer wieder neu angepasst werden muss. Sicherlich ist die Gewässergüte der Glonn momentan noch weit von der Badequalität entfernt, aber eine langsame Verbesserung ist zu erkennen.
Dachauer Nachrichten vom 9./10. Mai 1959, erschienen anlässlich des 70-jährigen Gründungsfestes des Fischereivereins Petershausen:
In jener Zeit galt die Glonn als zweitfischreichster Fluß Oberbayerns. Deshalb könnte der Zusammenschluß dieser idealgesinnten Fischer zu oben erwähntem Zweck gar nicht hoch genug eingeschätzt werden. Den damaligen paradiesischen Zuständen der Glonnfischerei bereitete die von 1919 bis 1923 erfolgte Glonnregulierung ein jähes und bitteres Ende. Mit dem Fischreichtum wurde radikal aufgeräumt. Altwässer, die Kinderstuben der Jungfische, wurden beseitigt, Schönheit und Romantik des Glonntals wurden einer vermeintlichen Zweckmäßigkeit geopfert. Nicht die Regulierung der Glonn an sich sei zu kritisieren, sagte der Redner, sondern die Art und Weise ihrer Durchführung."
Die bakterielle Verseuchung nimmt allmählich verheerende Formen an. Zeitungsbericht, Dachauer Nachrichten, 07.07.1983 - einige Auszüge daraus:
"Droht der Glonn und der Amper demnächst der 'Ausverkauf? Werden die einst so malerischen Flüsse in naher Zukunft in stinkende Kloaken 'umkippen'? Die Gefahr ist vorhanden und sogar schon akut. Wasser ist es schon lange nicht mehr, was da die beiden Flüsse hinabläuft, die Bezeichnung 'dreckige Brühe' kommt der Realität weitaus näher. Jetzt schlägt wieder einmal das Gesundheitsamt Dachau Alarm: Nach bakteriologischen Untersuchungen, so heißt es, seine Glonn, Amper und Nebengewässer derart verunreinigt, daß das Baden in diesen 'Gewässern' nicht nur kein Vergnügen mehr wäre, sondern eine akute Gesundheitsgefährdung. Es sieht schrecklich aus. Betroffen von der Glonn-Verschmutzung ist natürlich auch der Markt Indersdorf. Bürgermeister Hans Strixner sieht die Lage realistisch. 20 000 Keime pro Kubikzentimeter Wasser. Man muß sich das einmal vorstellen. Es sieht böse, ja schrecklich aus. Überall wird vom Baumsterben geredet, vom Zugrundegehen unserer Flüsse wird nichts gesagt."