Kleinere Wasserkraftanlagen bedeuten einen weitgehenden Eingriff in das Ökosystem Fließgewässer, der weitreichende Folgen auf die Gewässerstruktur und die Lebensräume innerhalb des Ökosystems hat. Zu den vielfältigen negativen Auswirkungen gehören:
Ohne die Querverbauungen durch Triebwerksanlagen ist der Fluss ein durchgängiges Band von der Quelle bis zur Mündung, dies kommt im Begriff Durchgängigkeit gut zum Ausdruck. Dabei haben wir das Gewässerbett mit den Ufern vor Augen und denken gleichzeitig an den gesamten Gewässerlauf. Das Gewässerbett bietet einen durchgehenden, zusammenhängenden Lebensraum, dem sich charakteristische Lebensgemeinschaften von Pflanzen und Tieren der Gewässerdynamik anpassen.
Durch den Aufstau vor den Triebwerken wird das Gefälle des Flusses verringert. Der hohe Wasserstand erschwert die Entwässerung des Talbodens. An der Glonn war das Aufstauen des Wassers durch die Mühlen der Grund für die Versumpfung des Tales vor der Regulierung. Durch das Tieferlegen des Flussbettes trockneten die Flächen wieder aus. Die Wehre stauen den Fluss teilweise in das Unterwasser der oberhalb liegenden Wehranlage zurück. Freie Fließwasserstrecken sind innerhalb dieser Stauhaltungskette oft auf nur wenige Meter beschränkt. In den aufgestauten Bereichen nimmt die Fließgeschwindigkeit des Flusses ab, das Gewässer wird breiter und tiefer. Bei geringen Abflüssen bilden sich kaum durchströmte, stillwasserartige Bereiche aus, die für einen Fluss wie die Glonn untypisch sind. Im Vergleich zu einem freifließenden Fluss ist das Gewässer in den Stauhaltungen monoton und wenig strukturiert. Drei Viertel aller Wasserkraftanlagen haben eine Ausbauleistung von weniger als 100 kW und ein Drittel hat sogar nur eine Ausbauleistung von weniger als 25 kW. Der Anteil solcher Kleinanlagen an der Stromproduktion in Bayern beträgt nur etwa 0,13 %.
Die Wasserkraftnutzung gilt zwar einerseits als umweltfreundlich, da die Energie ohne Emissionen erzeugt wird, die oben dargelegten Veränderungen an Fließgewässern stellen andererseits eine nachhaltig negative Beeinträchtigung des Naturhaushaltes dar. Auch der Beitrag zur Reduktion von Kohlendioxid, und damit zum Klimaschutz, ist außerst gering. Sie zerstören vielfältige Funktionen unserer Fließgewässer. So muss ein teilweiser oder gar totaler Rückbau erwogen werden, um das Fließgewässer wieder zu einem funktionsfähigen Fluss zu machen. Es gibt heute kaum noch intakte Fließgewässer in Bayern. Prägende Elemente der Fließgewässer sind soweit zerstört, dass die typischen Tiere und Pflanzen kaum noch geeignete Lebensräume finden. Sie selbst und ihre Lebensgemeinschaften weisen höchste Gefährdungsgrade auf. Durch die Querverbauungen findet Geschiebetransport aus dem Oberlauf in den Mittel- und Unterlauf nicht mehr statt. Um so wichtiger ist es, dem Gewässer für Seitenerosionen und Geschiebeumlagerungen ausreichend Platz zu lassen. Diese Bereiche stellen für zahlreiche Tierarten eminent wichtige Lebensräume dar.