Auen sind die Heimat zahlreicher Pflanzen und Tiere der historisch gewachsenen Kulturlandschaft.
Den flächenmäßig größten Anteil nimmt die Weichholzaue ein. Sie ist dem Fluss am nächsten und wird bei mittlerem Hochwasser überschwemmt. Die sich daran anschließende Hartholzaue ist der Bereich zwischen der Grenze des mittleren Hochwassers und der des Spitzenhochwassers.
Die Aue ist ein äußerst dynamischer Standort, stetige Vernichtung und Neuansiedlung stehen im Gegensatz zur relativen Stabilität anderer Naturlandschaften
Auen wirken in die Tiefe und in die Breite, denn Auen sind wesentliche Glieder eines umfassenden Schutz- und Speisungsgebietes für den Grundwasserstrom und Grundwasserstand der Talsenken. Zudem bilden Auen natürliche Selbstreinigungsstrecken. Sie haben die Eigenschaft, die Wasserqualität anzuheben. Die Struktur der Ufer eines Flusses bestimmt entscheidend Qualität und Quantität der biologischen Vorgänge im Gewässer. Nicht nur ein großer Teil der biologischen Produktion findet hier statt, sondern auch abbauende, reinigende Prozesse, die unter dem Begriff "Selbstreinigung" zusammengefasst werden.
Bis zu 70 % dieser Vorgänge finden in den ufernahen Flachwasserzonen statt. Dabei ist sowohl die Ausdehnung dieser Uferzonen von Bedeutung, als auch deren Neigung und die Strömungsverhältnisse.
Auen bieten die unerlässliche Anschauungsgrundlage für eine ganzheitlich orientierte, wirklich nachhaltige Nutzung von Boden, Wasserkraft, Vegetation und Fauna.
An der Glonn finden wir nur noch uferbegleitend Weiden, Pappeln oder Erlen vor. Der Talraum der Glonn ist seit 1974 Landschaftsschutzgebiet, wird jedoch trotzdem landwirtschaftlich intensiv genutzt. Die einzige größere von der Nutzung ausgenommene Fläche bildet das etwa 55 Hektar große "Weichser Moos" mit seiner Niedermoor- und Streuwiesenvegetation. Sie sind ein Relikt der ehemals im Glonntal heimischen Pflanzengesellschaften.
Das Weichser Moos ist das besterhaltene Niedermoor im Donau-Isar-Hügelland. Es umfasst alle dafür charakteristischen Lebensraumtypen und Landnutzungsformen und weist eine Vielzahl seltener Pfanzen und Tiere auf.
Niedermoore werden in Bayern auch "Moose" genannt. Sie entstehen auf Flächen mit ständig hohem Grundwasserspiegel. Der hohe Grundwasserstand im Weichser Moos wird einerseits durch die Glonn, andererseits durch Hangquellen aus dem Hügelland verursacht. Die Nässe des Bodens führt zu Sauerstoffmangel, der einen vollständigen Abbau des absterbenden Pflanzenmaterials verhindert. Es kommt zur Torfbildung. Dieser Prozess begann im Weichser Moos nach der letzten Eiszeit, also vor über 10 000 Jahren. Das Moor wuchs nur wenige Millimeter pro Jahr. Vor dem Abbau durch den Menschen maß die Torfschicht bis zu 3 Meter.
So wie wir das Weichser Moos heute vorfinden, ist es das Ergebnis jahrhundertelanger bäuerlicher Arbeit. Im Mittelalter als nutzloses Ödland angesehen, gewannen die Moore nach dem 30-jährigen Krieg große Bedeutung als Brennstofflieferant. Durch die Anlage von Gräben wurde der Grundwasserstand abgesenkt und das Torfstechen ermöglicht. Erst mit der Umstellung auf Heizöl in der 60er Jahren lohnte sich das Torfstechen nicht mehr und wurde aufgegeben.