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Versumpfung des Glonntals
Das ganze Glonntal litt fast durchweg an starker Versumpfung, verursacht durch die zahlreichen Mühl- und Triebwerksanlagen, die sich in fast ununterbrochener Staufolge aneinander reihten. Die Stauanlagen hielten den Glonnwasserspiegel dauernd nahezu auf Geländehöhe, so dass den anliegenden Talgründen jede Vorflut für die notwendige Entwässerung genommen war. Die ungenügenden Abflussverhältnisse der alten Wehr- und Mahlanlagen und des vollkommen verwachsenen Glonnbettes führten schon bei einem kleinen Hochwasser zu Schäden in den Talgründen. So heißt es in einem Zeitungsbericht des Amper-Boten von 1924: "Wo es üppige Wiesen, reiche und sichere Futtererträge geben sollte, sah man versumpfte und versauerte Talflächen, deren Erträge noch dazu oftmals durch plötzlich während der Ernte auftretende Hochwässer mit fortgeführt wurden."
Die Talwiesen lieferten also nur geringe Erträge und minderwertiges Futter. Viele Wiesen trugen fast ausschließlich Sauergräser, Moos und andere Sumpfpflanzen und so genannte Unkräuter, so dass sie nur zur Streugewinnung dienen konnten.
Da das Wasser der Glonn durch die Stauanlagen viel zu langsam abfloss, war eine weitere Folge der verminderte Geschiebetransport. Dies führte zu einer Sohlenauflandung, die ebenfalls zur Vernässung der Wiesen beitrug. Aus diesem Grund wurde bereits im 19. Jahrhundert eine Regulierung der Glonn angestrebt. Alle diesbezüglichen Teilversuche blieben jedoch erfolglos.
Erst mit der großen Regulierung 1919-1924 glaubte man, die Probleme in den Griff bekommen zu haben. So heißt es in einem Erinnerungsalbum zum Abschluss der Regulierungsarbeiten: "Erst der Weltkrieg mit seinen Ernährungsschwierigkeiten und die unablässige Aufklärungsarbeit des Kulturbauamtes München im Verein mit einsichtigen Landwirten ließen das große Werk zur Reife gedeihen. Mit der Glonnregulierung wurde also die Verhütung der ständigen Hochwasser und überschwemmungsgefahr und die Beseitigung der weitreichenden Versumpfung des Geländes durch Absenkung des Grundwasserspiegels angestrebt." Zugleich sollten Arbeitsplätze geschaffen werden, um der seit dem Ersten Weltkrieg aufgekommenen Arbeitslosigkeit zu begegnen. Mit der Trockenlegung der Wiesen verschwand auch die so gefürchtete und die Aufzucht gefährdende Leberegelseuche der Rinder und Schafe sowie die Leberkrankheit der Pferde.
Glonnregulierung
Die Korrektion der Glonn begann im Jahre 1919 und war 1924 abgeschlossen. Sie wurde auf genossenschaftlicher Grundlage von den Kulturämtern München und Ingolstadt durchgeführt. Ein Ziel dieser Maßnahme war, die Talgründe zu entwässern und damit für die Landwirtschaft ertragreiche Wiesen zu schaffen. Dies geschah durch die Vertiefung des Flussbettes auf 2 bis 2,5 m; damit war angestrebt, den Grundwasserspiegel um etwa 50 cm zu senken. Außerdem erfolgte die Absenkung des Wasserstandes bei den Mühlen um durchschnittlich 90 cm, damit wollte man die Hochwassergefahr eindämmen. Durch die Flussregulierung erfuhr das Landschaftsbild des gesamten Glonntals eine umwälzende Veränderung. Die vielen Flussschlingen, Windungen und Gumpen verschwanden. Heute zieht sich der Lauf der Glonn geradlinig in einem tiefen Bett durch das Tal. Die Begradigung stellte einen gigantischen Eingriff in den Naturhaushalt und das Landschaftsbild dar.
Zur Durchführung des Projekts wurden fünf öffentliche Genossenschaften gegründet und die Glonn in fünf Abschnitte unterteilt. Der erste Bauabschnitt war Allershausen-Petershausen im Zuständigkeitsbereich des Bezirksamtes Freising. In diesem Abschnitt waren 370 Grundbesitzer mit insgesamt 2200 Tagwerk Grund beteiligt.
Die Sohlbreite wurde bei Petershausen auf 15 m, und die Tiefe auf durchschnittlich 3 m festgelegt. Der zweite Bauabschnitt, Petershausen-Indersdorf, war 12 km lang, beinhaltete 1630 Tagwerk Grund und 350 Grundbesitzer.Es wurde ein Hochwasserkanal bei Weichs und ein Unterwasserkanal bei Glonn gebaut und die Mühlen in Weichs und Asbach abgesenkt. Der dritte Abschnitt zwischen Indersdorf und Erdweg war 10 km lang und umfasste 1450 Tagwerk und 340 Grundeigentümer. Das Bachbett wurde hier 2 bis 2,5 m tief und an der Sohle 10 bis 12 m breit. Die seitlichen Entwässerungsgräben waren 1,2 bis 1,5 m tief und 0,5 bis 1,5 m breit. Die Bauabteilung Vier umfasste das Gebiet Unterweikertshofen-Taxa und der Abschnitt Fünf Taxa-Egenburg.
Die regulierte Flussstrecke umfasst 45 km, die zusätzlich angelegten Triebwerkskanäle sind 9 km lang, die gesamte Flussstrecke betrug vor der Regulierung 54 km. Außerdem legte man 70 km Entwässerungskanäle an. Die dafür notwendigen Erdbewegungen beliefen sich auf über 2 Mio. m³. Die zahlreich über die Glonn führenden Holzbrücken und Stege wurden durch massive Steinbrücken ersetzt. Insgesamt wurden 52 Brücken neu angelegt sowie 14 Triebwerke. Heute bestehen noch immer die Altrechte zwischen den Mühlenbesitzern und dem Bezirk Oberbayern. Sie beinhalten für den Besitzer die Rechte zur Nutzung der Wasserkraft, aber auch die Unterhaltspflicht für die Ufer am Mühlbach und an einem Abschnitt der Glonn.
In einem Bericht von 1924 heißt es: "Das bisher so reizvolle landwirtschaftliche Bild im ganzen Glonntal hat durch die Regulierungsarbeiten und die Kunstbauten in keiner Weise gelitten, wenn auch manchmal mit etwas kräftiger Hand in den bisherigen stark gekrümmten Lauf eingegriffen werden musste. Allzu lange gerade Linien sind tunlichst vermieden worden und auch die Kunstbauten passen sich gut der Landschaft und der heimischen Bauweise an."
Folgen der Flussbegradigung
Die starke Veränderung des Flusslaufs und die Erhöhung seines Gefälles setzte die Selbstreinigungskraft des Gewässers erheblich herab. Diese biologische Funktion wäre gerade heute überaus notwendig, da sehr viel verschmutztes Wasser in den Fluss eingeleitet wird.
Durch die zahlreichen Flusswehre ist die Glonn zerstückelt und nicht mehr annähernd ein natürliches Fließgewässer. Heute wird das Wasser der Glonn vor allem zur Stromerzeugung genutzt. Der starke Eingriff in das Ökosystem der Glonn ist im Verhältnis zur geringen Stromgewinnung gesehen viel zu hoch.
Mit der Regulierung verschwand das den Fluss säumende Gebüsch, die Schwarzerlen und Weiden. Durch die schnurgeraden Uferböschungen gingen Lebensräume für die Fischbrut verloren und auch für die als Nahrungsgrundlage der Fische wichtigen Kleinlebewesen verschlechterten sich die Bedingungen erheblich. Nicht zu unterschätzen ist die Tatsache, dass durch die einige Jahre dauernden Arbeiten und die Verfüllung zahlreicher Flussschleifen ein erheblicher Teil der Fischbrut vernichtet wurde. All dies führte zu einem plötzlichen Einbruch in das sensible Ökosystem, von dem sich der Fluss nicht mehr erholte.